Κάπου εκεί, όμως, άρχισαν οι πρώτες διενέξεις με τα μεγάλα αφεντικά της ΕΑ, αφού ο Molyneux θεωρούσε πως τα χρονικά περιθώρια που του έδιναν ήταν υπερβολικά στενά, ενώ πολλές φορές αισθανόταν ότι αποφάσιζαν πριν από αυτόν γι’ αυτόν, κάπως σαν τους παίκτες στα god sims που έφτιαχνε. Έτσι, αμέσως μετά την ολοκλήρωση του Dungeon Keeper (1997), ενός… god sim από την ανάποδη, αποχώρησε -όχι και τόσο φιλικά- από την Bullfrog και ίδρυσε τη Lionhead Studios, η οποία θα φρόντιζε να θυμίζει τις πρώτες αγνές εποχές της παλιάς καλής Bullfrog, με λίγα άτομα να ασχολούνται με ένα παιχνίδι κάθε φορά. Το 2001 κυκλοφορεί το Black & White, ένα παιχνίδι το οποίο, σύμφωνα με τον ίδιο, αποτελεί ένα αμάλγαμα των καλύτερων στοιχείων από όλα τα παιχνίδια που είχε σχεδιάσει μέχρι τότε, τρία χρόνια αργότερα θα δρέψει νέες δάφνες με το αρκετά πρωτότυπο Action/RPG, Fable και το 2005 μάς μετατρέπει σε μεγαλοπαραγωγούς του Hollywood με το Movies.

Στη συνέχεια ακολουθούν sequels των παραπάνω τίτλων, για να φτάσουμε στα πιο πρόσφατα γεγονότα, όπου ο κατά πολλούς μετρ της πρωτοτυπίας και της εφευρετικότητας επιχειρεί να ταράξει τα νερά στον κόσμο της διαδραστικότητας με τον Milo. Δεν ξέρουμε αν θα τα καταφέρει, όμως αν κάποιος μπορεί να το πετύχει, τότε είναι πολύ πιθανό αυτός να είναι κάποιος στον οποίο έχουν απονεμηθεί μεταξύ άλλων τίτλοι όπως «Ιππότης της Τάξης των Τεχνών και των Γραμμάτων» από τη γαλλική κυβέρνηση, αλλά και η αντίστοιχη βράβευση από τη γενέτειρά του Αγγλία, ενώ είναι ένας από τους μόλις δέκα ανθρώπους που μπορούν να δουν τα ονόματά τους στο Hall of Fame της “Academy of Interactive Arts and Sciences”…